社会学と犯罪学 - オープンアクセス
オープンアクセス

概要

Perspective du profil d'expression des gènes des métalloprotéases matricielles ( MMP ) révélé par le transcriptome pan-cancéreux et les données sur les cellules individuelles

Jinxiang Tan*, Yidan Gao, Zhao Li, Yuanyuan Wang, Linbang Wang

Contexte : Les MMP sont un groupe de gènes familiaux liés à la progression du cancer. La régulation positive de la plupart des gènes MMP dans les cancers serait associée à la promotion de l'invasion, de l'angiogenèse et de l'évitement de la surveillance immunitaire. Cependant, les profils d'expression de toutes les MMP au niveau du transcriptome et au niveau de la cellule unique dans une perspective pan-cancéreuse n'ont pas été étudiés.

Méthodes : Le transcriptome du Cancer Genome Atlas (TCGA) et les données pan-cancer du séquençage à cellule unique du GEO (Gene Expression Omnibus) ont été appliqués. Le modèle diagnostique basé sur les MMP a été construit par analyse de régression LASSO. Les tumeurs ont été classées en groupes à score MMP élevé et faible par ssGSEA. Les données à cellule unique ont été analysées par le logiciel Serat. Les caractères d'expression des MMP ont été validés par qRT-PCR.

Résultats : MMP1 , MMP11 et MMP12 ont été régulés à la hausse dans presque tous les cancers. MMP19 et MMP27 sont significativement régulés à la baisse dans huit à neuf types de cancer. L'analyse de corrélation a prouvé une relation potentielle entre l'expression de MMP et l'immunité tumorale et le caractère souche de la tumeur. Les cellules immunitaires, notamment les macrophages, la réponse IFN de type II et les Treg, étaient fortement infiltrées dans le groupe à faible score MMP comme prévu, les fonctions, notamment la voie de signalisation Hippo, la régulation positive de l'adhésion des leucocytes aux cellules endothéliales vasculaires, les chimio-taxis des cellules T plus actives dans le groupe à score MMP élevé. L'analyse unicellulaire a révélé divers modèles d'expression de MMP dans différents groupes de cellules. Dans lesquels, MMP7 s'est avéré être fortement exprimé dans les macrophages et MMP2 s'est avéré être fortement exprimé dans les cellules T CD8 ⁺ .

Conclusion : La majorité des MMP ont une expression accrue dans tous les cancers, et les MMP ont montré une valeur diagnostique potentielle en combinaison.