化学療法: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

クローン病における mRNA 3′ UTR と mRNA レベルの違いを識別するための新しい戦略

Tuo Hu、Huashan Liu、Chi Zhou、Xian-rui Wu、Yu-feng Chen、Xuan-hui Liu、Xiao-wen He、Yifeng Zou、Xiaosheng He、Xiao-jian Wu、Ping Lan、Jiaケ

要約背景と目的:クローン病(CD)は慢性かつ難治性の腸の炎症性疾患である。mRNA転写産物の3′非翻訳領域(3′ UTR)は転写後に自身の翻訳過程を調節することができるが、CDにおけるその役割は不明である。本研究の目的は、mRNA 3′ UTRの調節を介してCD表現型に影響を及ぼす重要な遺伝子を特定することであった。方法:アイソフォーム構造変化モデル(IsoSCM)を使用して、RNA-seqベースのオンラインCDデータベースからの全トランスクリプトームの3′ UTRの長さを評価した。3′ UTRの長さの状態とmRNAレベルの相関はスピアマン係数によって分析した。相関遺伝子リストは、公開されている重要なCD関連遺伝子リストと重複していた。CD表現型に関連する遺伝子を特定するために、単変量および多変量解析を実行した。結果: 正常対照と比較して、CD患者の432784個の遺伝子のうち34192個の遺伝子の3′ UTRが短縮し、57389個が延長していた。255個の遺伝子の3′ UTRの変化は、それらのmRNAレベルと有意に相関していることが判明した。さらに、8個の重複遺伝子は、上記の255個の相関遺伝子と既知のCD関連遺伝子リスト(ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLUおよびPTPN2)によって共有されていた。ABCB1およびJAK2のmRNAレベル、およびJAK2転写産物の短縮した3′ UTR長は、単変量および多変量解析によって、CD患者の深部潰瘍と相関していることが判明した。結論: CD関連遺伝子の3′ UTRの変化は、CDの表現型に関連していることが確認された。私たちの研究結果は、CDのエピジェネティックメカニズムと治療戦略へのさらなる洞察を提供する可能性がある。