音声学と聴覚学ジャーナル
オープンアクセス

概要

北西インドの高リスクグループにおける HIV 感染パターンの系統ゲノム解析

Chandar Kanta Chauhan、PVM Lakshmi1、Phulen Sarma、Vivek Sagar、Aman Sharma、Sunil K.Arora、Rajesh Kumar*

背景:分子技術は、HIV 感染ネットワークを追跡するための疫学調査の力を高めることができます。この情報は、HIV 感染予防戦略の開発に役立つ可能性があります。そこで、系統ゲノム学的手法を使用して、北西インドの高リスクグループ (HRG) における新たに診断された HIV 症例の感染パターンに関する研究を実施しました。

方法:最近感染した HRG からランダムに選択した 37 サンプルを対象に、限界抗原結合アッセイを用いた最近の感染検査アルゴリズム (RITA) で特定した系統ゲノム解析を実施しました。pol 遺伝子の逆転写酵素領域 (540 塩基対) の増幅と配列決定を行いました。参照配列は HIV Los Alamos データベースから抽出しました。Clustal W と HIV-1 サブタイプ別に並べた配列は、pol 配列の系統ゲノム解析に基づいて決定しました。系統樹は MEGA (バージョン 11.0) を使用して構築しました。

結果:系統発生は、研究分離株 RTFSWCHD および RTFSWPB007 がインドの参照配列 AY746371 および EU683781、およびネパールの配列 KX430115 とクラスターを形成し、関連していることを明確に示しています。その他の研究分離株 (RTFSWCHD001、RTFSWPB005、RTFSWCHD002、RTFSWPB006、RTFSWHR008、RTFSWHR009) は、他の参照と相互リンクすることなく、独自にクラスターを形成しました。1 つの研究分離株 (RTFSWHP004) は、ジンバブエ分離株 AY998351 と密接にクラスターを形成しました。系統発生によると、研究分離株 MSMCHD005 はインドの参照株 (DQ838761、EU683781、AY746371) とは別系統ですが、中国 (HG421606、JQ658754)、ネパール (JN023039)、ミャンマー (N223216、JN223183、KC913773) の参照株とも非常に近い関係にあります。その他の研究分離株 (MSMCHD003、MSMHP007、MSMCHD004、MSMPB001、MSMPB002、MSMHR006) は相互に高度に関連し、一緒になって独自の別系統を形成しています。進化樹によると、現在の研究のすべての配列は単系統の系統を形成し、つまりインドの配列は他のどの国の配列よりも密集しています。研究対象となった配列は、ネパールの参照配列 KX430115 および JN023035 とのみ関連性を示しました。南アフリカ、英国、ノルウェー、中国、ミャンマーの参照配列は、別の系統群に分類されています。

結論:分子疫学的手法により感染ネットワークを明らかにすることができたため、系統ゲノム学的手法を HIV センチネル監視に使用して感染ネットワークを監視することができる。