抗ウイルス薬および抗レトロウイルス薬ジャーナル
オープンアクセス

概要

オーストラリアでコロナウイルスNsp2 RNAトポイソメラーゼI120F変異体と同時発生のD614Gスパイクタンパク質変異体の大量伝播

アシット・K・チャクラボルティ

我々は以前、ビブリオ・ヘモリチカDNAトポイソメラーゼIA/IV、DNAプライマーゼ、DNAジャイレース、およびトリパノソーマ・ブルーセイDNAトポイソメラーゼIBの2サブユニット間のアミノ酸相同性を通じて、Nsp2コロナウイルスタンパク質がRNAトポイソメラーゼであると予測した。多くのDNAトポイソメラーゼI/IIIはRNAトポイソメラーゼ活性を持ち、そのような遍在する酵素は保存されており、複製と転写の調節に関与している。我々はここで、>10000 orf 1a 4405アミノ酸長のコロナウイルスポリタンパク質を分析して、Nsp2 RNAトポイソメラーゼの変異プロファイルをチェックした。変異タンパク質は、99.84%の配列類似性を持つBLAST検索によって選択され、181-818 aa部分のNsP2タンパク質（タンパク質ID QIU82057）は、CLUSTAL Omegaソフトウェアを使用して分析された。我々は26の異なる変異を発見したが、そのほとんどはイソロイシンとアラニンからバリン、またはロイシンからフェニルアラニンへの変化で選択されており、コロナウイルスRNAトポイソメラーゼの保存された性質を示している。主要なナンセンスの非常に豊富な変異はI120F（イソロイシンからフェニルアラニン）で発見された。他の重要な変異はR27C、I198V、T85I、L410F、I559VおよびP583Sであった。I120F変異はオーストラリアの分離株に豊富で、その拡散はバングラデシュや米国などの他の国で見られた。我々は、Nsp2トポイソメラーゼの豊富なI120F変異が、効率的なウイルスパッケージングのためにRNA構造を安定させることで、コロナウイルスの伝染を増加させる可能性があることを示唆している。興味深いことに、そのような変異は、感染力を70％以上増加させることが知られているスパイクタンパク質のD614G変異と関連して発見された。対照的に、分析されたすべてのP583S Nsp2変異体には、D614Gスパイクタンパク質変異は見られませんでした。ゲノムワイド解析により、多くのサイレント変異（5〜7）が検出されましたが、N501Yスパイクタンパク質変異は検出されませんでした。これは、コロナウイルスの感染拡大とNsp2タンパク質I120F変異との関連を予測する最初の報告であり、新しい抗ウイルス薬の発見に重要となる可能性があります。