プロバイオティクスと健康に関するジャーナル
オープンアクセス

概要

高解像度 DNA 融解分析によって発見された 6 つの脂質関連遺伝子の共通変異と血漿脂質との関連性

ジョン F. カールキスト、ジェイソン T. マッキニー、ベンジャミン D. ホーン、ニコラ J. キャンプ、リサ キャノン オルブライト、ジョセフ B. ミューレスティーン、ポール ホプキンス、ジェシカ L. クラーク、クリッサ P. モワー、ジェームズ J. パーク、ザカリー P. ニコラス、ジョン A. ハンティングハウス、ジェフリー L. アンダーソン

背景:総コレステロールは、冠状動脈性心疾患 (CHD) の最も初期に特定された危険因子の 1 つです。脂質代謝に関連する 6 つの遺伝子の遺伝子変異を特定し、それぞれが CHD のリスクにどのように寄与するかを推定することを目指しました。

方法: 6 つの脂質関連遺伝子 (LCAT、CETP、LIPC、LPL、SCARB1、ApoF) について、Hi-Res Melting® 曲線解析 (HRMCA) を使用し、エクソン、5' および 3' 非翻訳領域、ドナーおよびアクセプター スプライス サイトをスキャンして変異を検出し、サイクル シーケンスで確認しました。健康な被験者を SNP 検出 (n=64)、ハプロタイプ判定/タグ付け SNP 検出 (n=339)、および脂質関連テスト (n=786) に使用しました。

結果:調査した配列の 17,840 塩基で、90 の変異 SNP が特定されました。そのうち 19 (21.1%) はこれまで報告されていませんでした。34 の変異 (37.8%) はエクソン (16 は非同義)、28 (31.1%) はイントロン-エクソン境界、28 (31.1%) は 5' および 3' 非翻訳領域でした。サイクル シーケンシングと比較して、HRMCA の感度は 99.4%、特異度は 97.7% でした。タグ付け SNP (n=38) により、6 つの遺伝子の変異の 90% 以上が説明され、連鎖不平衡 (LD) グループが特定されました。 CETP LD グループ 2、LIPC LD グループ 1 および 7、SCARB1 LD グループ 1、3、4 では、有意に有益な脂質プロファイルが観察されました。CETP LD グループ 3、LPL LD グループ 4 では、リスク プロファイルが悪化しました。

結論:これらの結果は、SNP 発見における HRMCA の実現可能性、感度、特異性を実証しています。これらの遺伝子で特定された変異は、脂質関連リスクの予測や臨床的 CHD リスクの再分類に使用できる可能性があります。