音声学と聴覚学ジャーナル
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概要

ヒト集団の低解像度、中解像度、高解像度の HLA タイピング技術の比較分析

マラリ・ゴウダ、シータル・アンバルダル、ヌータン・ディゲ、アシュウィニ・マンジュナート、チャンダナ・シャンカラリング、プラディープ・ヒランナイア、ジョン・ハーティング、スワティ・ラナデ、ラタ・ジャガンナタン、スディール・クリシュナ

ヒト白血球抗原（HLA）をコードする遺伝子は、ヒト染色体6上の主要組織適合遺伝子複合体（MHC）の一部です。この領域は、ヒトゲノムの中で最も多型性の領域の一つです。HLA対立遺伝子多型の事前知識は、臓器/組織移植時にドナーとレシピエントをマッチングさせるために臨床的に重要です。HLA対立遺伝子情報は、様々な感染症、遺伝性疾患、自己免疫疾患に対する免疫応答を予測する際にも有用です。インドには10億人以上の人々が住んでおり、その人口はHLA対立遺伝子の多様性について未開発です。本研究では、配列特異的プライマー（SSP）、NGS（Roche/454）、および単一分子シーケンシング（PacBio RS II）プラットフォームを使用して、南インドの人口に対する3つのHLAタイピング方法を調査および比較しました。南インドの人口内の主要なHLA対立遺伝子を決定するために、1020を超えるDNAサンプルがSSP法を使用して低解像度でタイピングされました。これらの研究に続いて、Roche/454 シーケンシング システムのエクソン配列に基づいて 80 サンプルの中解像度 HLA タイピングと、PacBio RS II プラットフォームを使用したクラス I 遺伝子 (HLA-A、B、C) およびクラス II 遺伝子 (HLA-DRB1 および DQB1) の HLA アレルの 8 サンプルの高解像度 (6～8 桁) タイピングが行われました。SMRT テクノロジーによって提供される長い読み取りは、連続した読み取りでクラス I およびクラス II 遺伝子/アレルの全長をカバーし、非翻訳領域、エクソン、イントロンを含むため、段階的な SNP 情報が得られました。PacBio データから、Roche 454 シーケンシングによって検証された 3 つの新しいアレルを特定しました。これは、インド人集団を対象に第 2 世代および第 3 世代 NGS テクノロジーを使用して HLA タイピングを行った最初のケ​​ース スタディです。PacBio プラットフォームは、インドの未開発の民族集団の HLA データベースを確立するための大規模な HLA タイピングに有望なプラットフォームです。