アルコール依存症と薬物依存のジャーナル
オープンアクセス

概要

タンパク質ファミリーの進化に対する共変異アプローチ

ジュリアン・ペレ、ブルック・タデセ、マデリン・デニオー、アントワーヌ・ガルニエ、ダニエル・アンリオン、エルヴェ・アブディ、マリー・シャベール

多重配列アラインメントでは、構造的、機能的、および/または系統学的制約から配列の共変異が生じます。共変異スコアを計算するための方法は数多く開発されていますが、これらの方法を比較してタンパク質ファミリーの分岐の分析に最適な方法を特定する研究はほとんどありません。ここでは、広く使用されている方法の概要を示し、適切な方法を選択するための簡単なルールを示します。具体的には、中間エントロピーを持つペアとハブ構造を持つ共変異ネットワークを好む OMES や ELSC などの方法は、ファミリーの分岐に関する進化情報を明らかにするのに適していることがわかりました。これらの方法を G タンパク質共役受容体に適用すると、重要な変異の後、タンパク質機能を回復および/またはシフトするためにいくつかの残基の共進化が必要であるというタンパク質進化のエピスタシスモデルがサポートされます。