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概要

メンハーデン Bervoortia tyrannus の精巣トランスクリプトームの de Novo アセンブリと分析

フランク・J・ザドロックIV、サトシル・B・ラナ、ゼイン・A・アルヴィ、ジピン・チャン、ワイアット・マーフィー、キャロリン・S・ベンティベグナ

背景: メンハーデン ( Bervoortia tyrannus ) は海洋生態系で最も重要な魚類の 1 つであり、大西洋とメキシコ湾沿岸の主要な漁業を支える重要な種です。しかし、メンハーデンの遺伝学的側面についてはほとんどわかっていません。このプロジェクトの目的は、メンハーデンの精巣にハイスループット シーケンスを適用して、その個体群動態をさらに研究するために必要な遺伝学的ツールを提供することです。

結果: 2つの異なる精巣にIllumina Next Seq 500テクノロジーを適用し、Velvet/Oasesを使用してde novoアセンブリを実行し、254,462のコンティグを構築しました。BLASTXを適用して非冗長タンパク質データベースに対してコンティグを注釈付けした結果、46.89%の一致が得られました。アセンブリの精度を検証するために、リードは87.83%の割合でトランスクリプトにマッピングされました(RMBT)。アセンブリ結果を実験的に検証するために、プライマーはアセンブルされたトランスクリプトームに基づいて設計され、PCR産物はサンガーシーケンスによって検証されました。注釈付きコンティグの機能分類を強化するために、Gene Ontology (GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)、およびClusters of Orthologous Groups (COG)データベースを使用してさらに分類されました。

結論: この研究は、 B. tyrannusの精巣トランスクリプトームの注釈付き概要の最初の報告であり、現在までにメンハーデンに関して入手可能な最も包括的な遺伝資源をもたらしました。この研究は、B. tyrannusの将来の遺伝子発現解析、機能研究、および生殖調査のためのリポジトリを提供することができます。これにより、個体群モニタリングの能力が強化され、他の魚類モデルの比較研究のベンチマークとして使用できます。全体として、この研究は、B. tyrannus を研究する研究者に新しい機会を開き、新しい洞察をもたらすでしょう。