トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

絶滅危惧種ヒマラヤスズキのアエロモナスハイドロフィラ感染による遺伝子発現の差異

アショクタル

スノートラウト（Schizothorax richardsonii）は、ヒマラヤ高地の固有種で、幅広い温度条件（0～27℃）でよく育ちます。この種は、冷水魚種の非生物的および生物的ストレス応答を研究するためのモデル種として使用できます。本研究では、Aeromonas hydrophilla チャレンジ（Ah+）および模擬チャレンジ（Ar-）S. richardsonii の肝臓トランスクリプトームを比較しました。この種のトランスクリプトームデータベースは、Illumina 2000 シーケンシングプラットフォームで実行された RNA シーケンシング（2×100 bp ペアエンド）を使用した、免疫関連の差次的発現遺伝子のカスケードを使用して開発されました。de novo アセンブリから得られた 50,453 個のユニジェンのうち、24,464 個のユニジェンが注釈付けされ、そのうち 82 個のユニジェンが免疫応答遺伝子と関連していました。 Ah+ では、Ah グループと比較して、265 個の異なる発現を示すユニジーン (アップレギュレーション 189 個、ダウンレギュレーション 75 個) がありました。細菌病原性中の免疫調節に関与する遺伝子の大部分は、細胞外領域、膜の完全性、イオン結合、シグナル伝達、抗原処理および提示、MHC クラス I タンパク質複合体などに関連しています。特に、免疫応答に関連する 15 個のユニジーンとシグナル伝達遺伝子オントロジー用語に関連する 9 個のユニジーンは、細菌感染グループで著しく調節不全でした。インターロイキン 1β1、プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素 2a および 2b、およびアンキリン反復ドメインの 4 つの免疫遺伝子は、A. hydrophilla に対して非常に活性であることがわかりました。本研究は、病原体感染中のこの潜在的なモデル魚の分子レベルで起こり得る変化について予備的な洞察を提供します。