歯学ジャーナル
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概要

Cryaa-R49C および Cryab-R120G ノックイン変異マウスのゲノム解析: 10 年間の追跡調査

フレッド・コリング IV、キャロル・リンゲルバーグ、ミア・ウォレス、ウシャ・P・アンドリー

目的: 129Sv マウス系統の胚性幹細胞を使用して、主に C57Bl/6 の背景に Cryaa または Cryab の改変を含むマウス系統から 2 つの実験サンプルを調査しました。目的は、マウスが C57Bl/6 背景に変換されてから 10 年後の正確な遺伝的背景を再調査することです。

結果:マウスの遺伝的背景は、ダートマス大学ガイゼル医学部の DartMouse™ Speed Congenic Core Facility で評価されました。DartMouse は、Illumina, Inc. の Infinium Genotyping Assay を使用して、ゲノム全体に広がる 5307 個の SNP のカスタム パネルを調べました。生の SNP データは、DartMouse SNaPMap ™ および Map-Synth™ ソフトウェアを使用して分析され、マウスごとに各 SNP 位置で遺伝的背景を特定できました。分析の一環として、内部品質管理プロトコルにより、染色体マップを生成する前に 323 個の SNP がデータから除外されました。残りの 4984 個の SNP のうち、44.56% は情報価値がなく (2 つの関連する遺伝的背景間で多型性がない)、約 0.91% は解釈できないデータでした。返された SNP の残りの 54.53% は、ゲノム全体に広く分布していました。遺伝的背景は 98 ～ 99% C57Bl/6J であると判定され、これが望ましい背景でした。