トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

うどんこ病（Podosphaera aphanis）によるイチゴの感染後の包括的トランスクリプトーム解析と発現差のある遺伝子の同定

シュリダール ジャンバギ、ジム M. ダンウェル

背景:イチゴうどんこ病の原因菌である Podosphaera aphanis は、世界中で大きな経済的損失を引き起こしています。

方法:植物病原体相互作用を研究するためのモデルとして、二倍体イチゴ種 Fragaria vesca を使用しました。RNA-seq を用いて、感染後 1 日 (1 DAI) および 8 日 (8 DAI) の 2 つの系統、F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) および F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW) からトランスクリプトーム データセットを生成しました。

結果:同定された全リードのうち、約 9 億 9,900 万 (92%) が F. vesca ゲノムにマッピングされました。これらの転写産物は、3 つの時点 (コントロール、1 DAI および 8 DAI) からそれぞれ HW および YW の合計 23,470 および 23,464 の遺伝子に由来しました。解析により、HW では、コントロールと 1 DAI、コントロールと 8 DAI、1 DAI と 8 DAI の間でそれぞれ 1,567、1,846、および 1,145 のアップレギュレーション遺伝子が同定されました。同様に、YW では 1,336、1,619、および 968 の遺伝子がアップレギュレーションされました。また、HW では 646、1,098、および 624 のダウンレギュレーション遺伝子が同定され、YW では 3 つの時点の間でそれぞれ 571、754、および 627 の遺伝子がダウンレギュレーションされました。

結論: HW と YW の両方で、コントロールと 1 DAI の間で差次的に発現した遺伝子 (log2 倍数変化 ?5) を調査したところ、二次代謝、シグナル伝達、転写調節、耐病性に関連する多数の遺伝子が特定されました。これらには、フラボノイド 3'-モノオキシゲナーゼ-モノオキシゲナーゼ、ペルオキシダーゼ 15、グルカン エンド-1,3-?-グルコシダーゼ 2、受容体様キナーゼ、転写因子、ゲルミン様タンパク質、F ボックス タンパク質、NB-ARC、NBS-LRR タンパク質が含まれます。これは、イチゴにおける病原体相互作用に対する RNA-seq の初めての適用です。