トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

ステビア・レバウディアナにおける新規マイクロRNAの同定と標的予測

ヴィバ・マンダンとカシミール・シン

ステビア・レバウディアナ・ベルトーニは、その栄養上の重要性と天然甘味料としての新たな用途により、世界中で注目を集めています。この植物の遺伝子制御ネットワークをより深く理解するために、私たちは新しいマイクロRNA（miRNA）を発見するためのハイスループットsmall RNAシーケンシングを開始しました。miRNAは、長さが約18〜22ヌクレオチドの短い内因性非コードsmall RNA分子の一種で、その主な機能は、翻訳抑制、mRNA切断、エピジェネティック修飾などのさまざまな方法で遺伝子発現を下方制御することです。私たちはS. rebaudiana sRNAライブラリを構築し、イルミナゲノムアナライザーIIを使用してシーケンシングした後、2,509,190の異なる配列を表す合計30,472,534のリードを取得しました。これらのリードから、ステビアESTとヌクレオチド配列から生成された可能性のある12の新しいmiRNAが予測されました。新規配列はすべて、ステビアや他の植物種でこれまで説明されたことはありません。新規 miRNA のほとんどについて、推定標的遺伝子が予測されました。これには主に、必須の植物代謝およびシグナル伝達経路を制御する酵素をコードする mRNA が含まれます。私たちの結果により、ステビアの miRNA の数が増え、ステビアや他の植物種における miRNA の生物学的機能と進化のさらなる調査に役立つはずです。