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概要

Transcriptions immunitaires des larves de l'huître du Pacifique : Crassostrea gigas dont l'expression change en raison d'une exposition bactérienne

Jing Fang, Xiaohui Cai, Fengyi Mao, Hongyu Li, Honglin Chen, Minhua Qian, Jacob R. Hambrook, Patrick C. Hanington, Xinzhong Wu

Contexte : Les mollusques marins vivant dans les zones intertidales et estuariennes, comme les huîtres, sont confrontés à de nombreux défis liés aux agents pathogènes au cours de leur développement. L'infection par des bactéries telles que Vibrio alginolyticus représente un facteur majeur affectant le développement larvaire et conduit fréquemment à une mortalité élevée de l'huître creuse du Pacifique, Crassostrea gigas . On sait que la réponse immunitaire de l'huître joue un rôle important dans la protection de l'animal pendant le développement en atténuant les conséquences de l'infection.

Résultats : Dans cette étude, nous avons entrepris une analyse complète de la réponse immunitaire des larves de C. gigas à la contamination par V. alginolyticus . Nous avons séquencé le transcriptome de la larve de C. gigas à 0 heure, c'est-à-dire la larve d'huître sans aucun traitement comme témoin, et 6, 12, 24, 48 et 72 heures après l'infection. Après séquençage de l'ARN, les lectures brutes sont disponibles via le NCBI Sequence Read Archive sous le numéro d'accès PRJNA623063. Après filtrage, un total de 58,24 Gb de lectures propres ont été produites et assemblées en utilisant le génome de référence de C. gigas . La distribution de la qualité Q30 était supérieure à 90,88 % pour chaque échantillon et la teneur en GC variait de 41,27 % à 42,91 %. Français Comparés aux séquences des bases de données COG, GO, KEGG, Swiss-Prot et NR, 1 267, 1 112, 2 187, 682, 1 133 gènes exprimés de manière différentielle ont été annotés à 6, 12, 24, 48 et 72 heures après l'infection respectivement. De nombreux gènes liés au système immunitaire ont affiché une expression différentielle qui variait au fil du temps : les récepteurs de type Toll, les protéines à motifs tripartites, les facteurs de type lectine, les récepteurs récupérateurs, les composants de la voie de signalisation tels que le facteur de différenciation myéloïde 88 et les protéines de stress telles que la protéine de choc thermique de 70 kDa se sont tous révélés plus abondants après une infection par V. alginolyticus par rapport au témoin. Français Pour l'analyse, ces gènes ont été divisés en plusieurs catégories telles que les récepteurs de reconnaissance de formes, les protéines de type fibrinogène, les motifs moléculaires associés aux dommages, les facteurs du complément, etc. Nous avons également découvert à l'origine de nombreux gènes liés au système immunitaire régulés à la baisse chez les larves de C. gigas au cours des 72 premières heures suivant l'infection, tels que TRIM2, TRIM45, TRIM56, TRIM71, le récepteur 1 du mannose des macrophages, l'apolipoprotéine D, le cytochrome P450, la protéine liée à Rho, la protéine induite par le stress 1, HSP68 , HSP75 , HSP70 B2, la protéine de liaison à l'héme 1, la protéine de liaison à l'héme 2, la protéine de liaison aux métaux lourds HIP, l'hémicentine-1, etc. Ces catégories générales nous ont permis de générer un profil de réponse immunitaire pour C. gigas au cours des 72 premières heures suivant l'infection. Ces résultats indiquent que l'infection bactérienne induit un modèle complexe d'expression des gènes immunitaires chez les larves de C. gigas .

Conclusion : Notre étude facilitera une investigation ciblée sur la fonction de facteurs immunitaires spécifiques qui peuvent expliquer la diversité et l’évolution des molécules immunitaires des invertébrés et conduire au développement de mesures efficaces pour améliorer les performances de la culture des huîtres.