John R Caskey, Roger W Wiseman, Julie A Karl, David A Baker, Taylor Lee, Robert J Maddox, Muthuswamy Raveendran, R Alan Harris, Jianhong Hu, Donna M Muzny, Jeffrey Rogers and David H O’Connor
インドアカゲザルの主要組織適合遺伝子複合体 (MHC) の変異は、移植および感染症研究の結果に影響を及ぼす可能性があります。アカゲザルは、予期しない結果の原因となる可能性のある変異を識別するために、頻繁に MHC 遺伝子型判定を受けます。MHC は、変異が実験結果に影響を及ぼす可能性があるゲノム領域の 1 つにすぎないため、アカゲザルの MHC と残りのタンパク質コードゲノムの変異を同時にプロファイリングする戦略が有用です。ここでは、MHC 配列が豊富なターゲット キャプチャ プローブを使用して、MHC クラス I およびクラス II の遺伝子型を判定します。この方法を、アカゲザル エクソーム配列 (MES) 遺伝子型判定と呼んでいます。 27 頭のインドアカゲザルのコホートについて、MES データから MHC 遺伝子型を取得する 2 つの方法について説明し、これらの方法で得られた MHC クラス I およびクラス II 遺伝子型判定結果が、期待される MHC 遺伝子型とそれぞれ 98.1% および 98.7% 一致することを実証しました。対照的に、短いマルチプレックス PCR アンプリコンのディープ シーケンシングによって得られた従来の MHC 遺伝子型判定結果は、このコホートの期待値とわずか 92.6% しか一致しませんでした。