アイマン・カマル・エル・エサウィ
2017年、世界保健機関(WHO)は、カルバペネム耐性シュードモナス属細菌を緊急対応が必要な最も重要な多剤耐性細菌に分類しました。本研究では、カルバペネムをコードする遺伝子の検出のために、verigene-nanosphereマイクロアレイベースのアッセイとマルチプレックスPCRをテストしました。親株とそのUV変異体のカルバペネマーゼをコードする遺伝子の配列決定とそれに続くヌクレオチド配列アライメントも実施しました。カルバペネムに対する細菌耐性は、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)と熱処理によるプラスミド硬化誘導後にテストされました。マルチプレックスPCRにより、IMP、VIM、SMEを含む遺伝子セットが1つの反応で検出されました。Verigene-nanosphereは、それぞれ5、4、11の以前に決定されたVIM、IMP、KPC遺伝子の陽性株のうち3、0、0を検出しました。 VIM、IMP、KPC遺伝子のヌクレオチド配列アラインメントは、多くのグラム陰性菌種との関連性を示した。UV変異体ではVIM遺伝子が失われ、IMPおよびKPC遺伝子は保存されていたが、イミペネムおよびメロペネムに対する耐性に変化がないまま、1~2%の配列変更が生じた。結論として、開発されたマルチプレックスPCRはカルバペネムをコードする遺伝子セットを正常に検出したが、マイクロアレイベースのベリゲンナノスフィアは、現在の実験条件下ではほとんどの遺伝子を検出できなかった。VIM、IMP、KPC遺伝子のヌクレオチド配列アラインメントにより、これらの遺伝子配列はグラム陰性菌種に分布していることが明らかになった。UV変異体では、IMPおよびKPC遺伝子は損傷なし、損傷が修復された、またはヌクレオチド配列のわずかな変更なしで保存され、一方でカルバペネム耐性は保存されていた。