植物生化学および生理学ジャーナル
オープンアクセス

概要

SARSCoV-2 スパイクおよびレプリカーゼタンパク質に対する in silico 生成リガンドの分子ドッキングと分析

イファニーチュクウ オケケ*、コスマス オケケ

分子ドッキングにより、コンピューターで生成されたリガンドのライブラリが SARS-CoV-2 スパイクおよびレプリカーゼタンパク質にドッキングされ、それらに高い親和性で結合する傾向があるリードが特定されました。特定されたリードは、これらのタンパク質にネイティブリガンドよりも強い親和性で結合し、生体内での代謝プロセスを助けることが証明されました。これにより、スパイクタンパク質は -4.8 Kcal/mol の結合親和性で細胞受容体に結合し、非細胞類似体には -5.4 で結合し、4twy 3BL と 5n19 D03 はそれぞれ -7.3 Kcal/mol の結合親和性でスパイクタンパク質に結合することが観察されました。これらはまた、それぞれ -8.2 と -7.2 Kcal/mol でレプリカーゼタンパク質に結合します。この結果は、特定されたリガンドがウイルスタンパク質とネイティブの内因性リガンドとの結合を優先的に置換または阻害できること、およびスパイクと ACE2 の相互作用による細胞付着とウイルス複製プロセスの両方が、特定された物質の 1 つを使用することで阻害できることを示しています。この研究から、5c8s G3A と 2d2d ENB は、生物学的サンプルからの SARS-CoV-2 スパイクタンパク質の検出に有利な配置の最も適切なリードとして特定されました。一方、3d62 959 と 1r4l XX5 は、SwissADME と Molinspiration ケモインフォマティクスのフィルターに基づいて、SARS-CoV-2 に対する最も適切な薬剤類似性を持つリードとして特定されたため、さらなるin vitroおよびin vivo評価に値します。