化学療法: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

全解析癌によりSEC11Aが免疫学的および予後バイオマーカーとして特定される

Qingqing Wu、Chengdong Liu、Guangzhao Huang、Xinyan Lu、Xiaozhi Lv、Tingru Shao

目的:限定された証拠から、SEC11A が発癌において重要な役割を果たしていることが示唆されています。私たちの研究では、マルチオミクスデータに基づいて、全癌における SEC11A の分子と臨床的特性関連統合に関する分析を実施しました。

材料と方法:癌ゲノムアトラス-遺伝子型組織発現 (TCGA-GTEx) プロジェクトのトランスクリプトームと臨床プロテオーム腫瘍解析コンソーシアム (CPTAC) プロジェクトのプロトロミックデータを使用して、33種類の正常腫瘍と標本における SEC11A 発現を分析しました。cBioPortal を使用して、全癌における SEC11Aのコピー数変化とメチル化を調査しました。癌ゲノムアトラス (TCGA) コホートにおける SEC11A の臨床的性関連と予後への影響を評価しました。 HNSCC) における SEC11A の遺伝子セットエンリッチメント解析 (GSEA) を実施しました。免疫細胞と潤の相関関係は、免疫細胞と癌細胞の浸漬率の推定 (EPIC)、腫瘍免疫推定リソース (TIMER)、xCELL、微小環境細胞集団カウンター (MCP カウンター)、quanTIseq、RNA 転写転写の相対サブセットの推定による細胞タイプ識別 (CIBERSORT)、および免疫細胞存在量識別子 (ImmuCellAI) アルゴリズムを使用して推定されました。抗癌剤の阻害濃度 (IC _{50 ) 値は、癌における薬剤感受性のゲノム科学 (GDSC) プロジェクトから収集され、SEC11A との相関関係が計算されました。}

結果： SEC11Aの発現はほとんどの癌種（24/33）で上方制御、3種類の癌では下方制御されていることがわかりました。 SEC11Aリボ核酸（RNA）発現とメチル化レベルには負けの相関関係がありSEC11Aの上方制御は、副腎皮質および頭頚部扁平上皮癌の投与後不良を示しました。 さらに、SEC11Aは細胞周期、TP53調節、抗原処理に深く関わっていました。マクロファージおよび線維芽細胞と正の相関がありましたが、CD8 ⁺ T細胞とは負けの相関がありました。SEC11Aの発現は、抗癌剤に対する薬剤耐性と正の相関がありました。

結論：これらの発見は、SEC11Aが全癌の予後バイオマーカーとして機能する可能性があることを示唆しています。SEC11Aの上方制御は、腫瘍の免疫抑制状態と関連していました。 、私たちの結果は、癌全体にわたって SEC11A のメカニズムと治療の分析を導く貴重な資源を提供しました。