トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

ピューロマイシン選択はヒト初代赤芽球細胞のRNA-Seqプロファイルを混乱させる

Guo RL、Lee YT、Byrnes C、Miller JL*

レンチウイルス形質導入に続いてピューロマイシン選択を行う方法は、ヒト造血幹細胞や前駆細胞を含むさまざまな細胞型を用いた遺伝子導入および発現実験のよく知られた手順です。広く応用されているにもかかわらず、哺乳類細胞培養における細菌ピューロマイシン N-アセチルトランスフェラーゼ (pac) 遺伝子発現の潜在的影響に関する研究は不完全です。ここでは、よく研究されているヒト赤血球生成モデルを使用して、ピューロマイシン選択がトランスクリプトーム プロファイルに影響を及ぼす可能性を調べました。実験は、市販の pac をコードするレンチウイルス ベクター 2 種類を導入した 6 人の成人の健康なヒトドナーからの一次 CD34(+) 細胞を使用して実施し、非導入コントロール細胞と比較しました。RNA-Seq 遺伝子発現プロファイルは分化の前赤芽球段階で生成され、その後、R-Studio ソフトウェアの DEseq2 を使用して差次的遺伝子発現が分析されました。遺伝子発現プロファイルのドナー間変動と、個別のレンチウイルスベクターの導入後のピューロマイシン選択集団間の変動は、RNA 検出レベルの 0.1% 未満の有意差として現れました。しかし、pac 遺伝子導入後のピューロマイシン選択は、非導入コントロールと比較した場合、mRNA の 5% 以上で有意な変化を引き起こしました。結果は、ピューロマイシン選択が RNA-Seq トランスクリプトーム プロファイルの解釈を混乱させる可能性を考慮する必要があることを示唆しています。