トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

ピューロマイシン選択はヒト初代赤芽球のRNA配列プロファイルを混乱させる

デ・ヴァスコンセロス

レンチウイルス形質導入とそれに続くピューロマイシン検出は、
ヒト造血幹細胞や祖先細胞を含む様々な細胞型を用いた遺伝子発現および転写産物試験の広く認められた手法である。その幅広い応用にもかかわらず、哺乳類細胞集団における細菌ピューロマイシンN-アセチルトランスフェラーゼ（pac）遺伝子発現
の潜在的な影響に関する研究は不十分である。ここでは、ヒト赤血球生成の非常によく知られたモデルを用いて、ピューロマイシン検出がトランスクリプトームプロファイルに影響を与える可能性を分析した。分析は、2つの市販のpacエンコーディングレンチウイルスベクターで形質導入された6人の成人健康ヒトサンプルからの必須CD34（+）細胞を用いて実施し、形質導入されていない対照細胞と比較した。RNA-Seq遺伝子発現プロファイルは分離の前赤芽球段階で作成され、次にR-StudioソフトウェアのDEseq2を使用して異なる遺伝子発現が検査された。異なるレンチウイルスベクターの導入後、品質表現プロファイルの受益者間の違いとピューロマイシン選択集団間の違いは、 RNA 識別レベルが0.1% 未満という大きな差によって示されました。しかし、品質伝達後のピューロマイシン選択は、非導入コントロールと比較した場合、mRNA の 5% で重大な変化を引き起こしました。結果は、ピューロマイシン選択が RNA-Seq トランスクリプトーム プロファイルの翻訳を混乱させる可能性を考慮する必要があることを示唆しています。