歯学ジャーナル
オープンアクセス

概要

アルジェリアの患者におけるRB1遺伝子のスクリーニングと、 in silico解析による変異の病原性の予測

アミナ・ママ・ブブクール、ロトフィ・ロウヒ、メリエム・アブディ、ファティマ・ゾーラ・モグティット、ナセラ・タベット・アウル、リム・アブデラフマネ、カディジャ・マフムーディ、メリエム・アバーカネ、ナディラ・サイディ＝メフタル

網膜芽細胞腫は、網膜芽細胞腫遺伝子 ( RB1 )の両対立遺伝子不活性化によって引き起こされる小児網膜腫瘍です。変化のほとんどは独特で、コーディング領域全体にわたってランダムに分布しています。この研究は、まず、体質レベルで RB1 遺伝子に影響を及ぼす可能性のある変異を特定し、この疾患の分子病因の理解に貢献し、リスクのある対象者と無症候性キャリアの早期発見に貢献することを目的としました。30 人の患者の DNA の変異の検出は、高速液体クロマトグラフィー (HPLC) で実施し、その後配列決定を行いました。次に、分析方法 (Align GVGD、Mutation tasting、SIFT、PolyPhen、I-Mutant、KD4V) と構造 (Swiss-Pdb Viewer) に基づくさまざまなソフトウェアを使用して、コンピューターによる分析プロトコルを開発しました。このプロトコルは、タンパク質 pRb に対する変異の有害な影響を予測するために使用されました。変異の範囲には、ミスセンス変異 2 つ、ナンセンス変異 1 つ、欠失 1 つ、スプライス部位に影響する変異 1 つ、および多型 2 つが含まれていました。これらの変異の中には、家族歴のない小児の胚レベルで特定されたものもありました。そのため、コンピューターによる解析では原因となる変異が 3 つだけ特定され、スプライス ドナー サイトの最初のイントロン変異はおそらくフレーム シフトを引き起こし、短縮されたタンパク質を生み出しました。2 番目のミスセンス変異 c.1903 G˃C は、スプライシング プロセスに影響すると予測されました。エクソン 20 にある 3 番目の変異 c.1961T>A は、タンパク質の機能と構造を破壊する可能性があります。
この研究では、コンピューターによる解析により、変異がタンパク質の構造と機能に及ぼす影響が示されました。これらの結果を他の機能研究と比較し、変異の機能性を評価することは興味深いことです。