理論および計算科学ジャーナル
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概要

標準的な遺伝暗号を完成させるための提案: プロテオーム暗号と核酸支援によるタンパク質の折り畳み

ジャン・チャールズ・ビロ

背景: この研究は、核酸とコドンの構造、コドンと核酸の相互作用、翻訳の一般概念に関する 2002 年から 2012 年までの一連のバイオインフォマティクス観察の概要を提供するために実施されました。方法: この研究では、公開データベースとリソース、およびさまざまなコドン残基の自由フォールディング エネルギーを決定するためのアッセイを使用しました。結果: この研究は、分子生物学の分野で広く受け入れられているパラダイムを修正する必要があることを示しています。特に、コドンはコード化されたアミノ酸と関連して発達し、ウォブル塩基は同義コドンでランダムに選択されないことを示唆しています。ウォブル塩基は、核酸の構造とフォールディング エネルギーを決定する上で明確に定義された役割を持っているためです。さらに、プロテオームコードにより、共存するアミノ酸は相補コドンによって優先的にコード化され（少なくとも1番目と3番目のコドン位置では）、翻訳中の核酸とタンパク質間の構造情報の伝達には、「専用」アミノ酸とそのコドンとの直接接触が必要であることが決定されます。さらに、この研究は、直接コドンアミノ酸接触の可能性を可能にするtRNAサイクルが存在するという事実を強調しています。結論：これらの観察により、冗長な遺伝コードとタンパク質フォールディングのメカニズムに対するより完全な理解が得られます。さらに、プロテオームコードは、標的ペプチドに対して高い親和性と特異性を持つ相互作用ペプチドを設計する最初の現実的な可能性を科学者に提供し、親和性アッセイの成長と多数の親和性テストのチップへの統合を加速する可能性があります。