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概要

La diversité et l'hétérogénéité du TCR et du BCR dans le cancer

Yu-Bao Chen*, Bo Li1, Wen-Xiang Hu*, Li-Da Xu*, Hui-Xue Tang, Jing Zhang, Jin-Dan Guo

Introduction : Avec le développement de la technologie de séquençage, l'ARN-seq devient de plus en plus populaire. La méthode d'utilisation de la technologie ARN-seq pour analyser le répertoire immunitaire présente les avantages d'une faible demande d'échantillons, d'une utilisation simple et d'informations complètes.

Méthodes : Les données de séquençage de l'ARN ont été téléchargées à partir de SRA dans le NCBI, y compris 79 paires d'échantillons de tissus cancéreux et non cancéreux adjacents de quatre types de cancer représentatifs. Sur la base de la littérature, le logiciel CutAdapt a été adopté pour supprimer les adaptateurs, les bases de codes-barres et les bases de mauvaise qualité. Le logiciel MiXCR a été utilisé pour extraire les séquences des récepteurs du répertoire immunitaire.

Résultats : Les données RNA-seq de la base de données publique ont été utilisées pour analyser et comparer les séquences TCR et BCR des tissus cancéreux et normaux dans quatre types de cancers, dont l'adénocarcinome du côlon, l'adénocarcinome du poumon, l'adénocarcinome du pancréas et l'adénocarcinome de l'estomac. Il a été constaté que la diversité clonale du TCR parmi les différents types de cancer est différente, et que la variété du BCR entre les tissus cancéreux et les tissus sains est évidente. Sur la base de l'analyse des séquences CDR3 non partagées, le degré d'hétérogénéité du TRB est différent selon les types de cancer, les individus différents atteints du même cancer, les tissus cancéreux et les tissus paracancéreux du même individu. De plus, la corrélation entre les niveaux d'expression des cinq principaux gènes des points de contrôle immunitaires et le nombre de clones TCR s'est avérée différente selon les différents types de cancer.

Conclusion : L'analyse des répertoires immunitaires dans les tissus cancéreux et les tissus adjacents non cancéreux de COAD, LUAD, PAAD et STAD n'a révélé aucune différence significative dans le nombre de TCR et les entropies de Shannon au sein du même type de cancer. Cependant, il existe des différences significatives dans le nombre de TCR et les entropies de Shannon entre les différents types de cancer. Les résultats confirment l'avantage de l'analyse de l'ARN-seq dans l'acquisition du répertoire immunitaire individuel.