トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

より耐性のある米の探求: 高濃度の鉄は選択的スプライシングにどのような影響を与えるのか?

アルトゥール・テイシェイラ・デ・アラウホ・ジュニオール、ダニエル・ダ・ロサ・ファリアス、レイルソン・シュレイナート・ドス・サントス、マルセロ・ノゲイラ・ド・アマラル、ルイス・ウィリアン・パチェコ・アルジェ、ダニエラ・デ・カッシア・オリベイラ、ソランジュ・フェレイラ・ダ・シルベイラ・シルベイラ、ロジェリオ・オリベイラ・デ・ソウザ、エウヘニア・ジャシラ・ボラセル・ブラガ、ルチアーノ・カルロス・ダマイアとアントニオ・コスタ・デ・オリベイラ

イネ（Oryza sativa L.）は、世界的な主食作物であり、植物研究の重要なモデル生物です。最近の報告によると、選択的スプライシングは多くのストレス条件の影響を受け、悪環境への適応にとって重要であることが示唆されています。この主題に関する情報が少ないため、本研究では、栄養溶液中の高鉄濃度に反応して発生するスプライシングパターンの変化を調査することを目的としました。ここでは、比較的耐性のあるイネ品種BRS Querênciaのトランスクリプトームにおいて、300 mg L-1 Fe+2の濃度の鉄過剰下で、さまざまな種類のジャンクションとスプライシングイベントを定量化しました。標準条件（コントロール）で飼育された植物は127,781の異なるスプライシングジャンクションを示しましたが、ストレスを受けた植物は123,682の異なるジャンクションを示しました。対照植物とストレスを受けた植物では、それぞれ標準的（98.85% と 98.91%）、半標準的（0.73% と 0.70%）、非標準的（0.42% と 0.40%）なジャンクションが見つかりました。対照植物とストレスを受けた植物では、イントロン保持が最も頻繁に発生し（44.1% と 47.4%）、続いて 3' スプライス サイト（22.6% と 21.9%）、エクソン スキッピング（18.9% と 17.3%）、代替 5' スプライス サイト（14.4% と 13.4%）がそれぞれ発生しました。また、翻訳後修飾に関連する 25 個の差次的発現遺伝子（アップレギュレーションが 5 個、ダウンレギュレーションが 20 個）も見つかりました。これらの結果は、鉄耐性遺伝子型で植物ストレス応答がどのように発生するかを理解するための重要なステップであり、鉄ストレス応答に関与する新しい遺伝子が明らかになりました。