抗ウイルス薬および抗レトロウイルス薬ジャーナル
オープンアクセス

概要

HIV-1のV3ループにおける保存されたGPGRセグメントの構造適応性を調べる

スダ・スリヴァスタヴァとミーナ・カニアルカール

効果的な HIV ワクチンを設計するには、gp120 の超可変領域である主要中和決定基 (PND) ペプチドの配列多様性と立体構造の関係を研究することが重要です。gp120 の 318-327 と 315-329 の 2 つのフラグメントは PND としてマップされており、ウイルスに感染した細胞を殺すことができる HIV-1 特異的細胞傷害性リンパ球活性を誘発できます。したがって、gp120-V3 ループからの免疫原性領域のより秩序立った生物学的に関連のある立体構造の設計は、HIV-1 ワクチン開発のためのより効果的な免疫原の設計に役立つ可能性があります。最適な構造上の好みを明らかにするために、主にクラウン領域を含む GPGR 配列を含む gp120 の V3 ループからの 2 つのフラグメントの立体構造の適応性を調査しました。核磁気共鳴 (NMR) 分光法と分子動力学 (MD) シミュレーションを使用して、水やヘキサフルオロアセトン (HFA) などのさまざまな溶媒システムでの立体構造をマッピングしました。 HFA では、より大きなフラグメント 315-329 が二次構造の形成に向けてある程度の傾向を示しています。これは、フラグメントの長さが二次構造の達成に非常に重要であることを示し、これが V3 ループの超可変状態の原因である可能性があります。ただし、水中では、両方のフラグメントに特定の立体配座の好みは見られません。