白血病ジャーナル
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概要

ベトナムのイマチニブ耐性慢性骨髄性白血病患者の BCR-ABL1 キナーゼドメイン変異を解析するための次世代ディープシーケンシングの活用

Duong CQ、Nguyen C、Nguyen TT、Nguyen LV、Pham HQ、Trinh HTT、Tran HC、Le TQ、Pham HT、Hong TH、Nguyen TH、Truong HN、Bach KQ、Nguyen TA

背景：慢性骨髄性白血病は、染色体転座t(9; 22)(q34; q11)の存在を特徴とするクローン性骨髄増殖性腫瘍です。これは症例の95%以上に見られ、高いチロシンキナーゼ活性を伴うBCR-ABL1融合タンパク質をもたらします。過去数十年間、イマチニブおよび他の世代のチロシンキナーゼ阻害剤は、この疾患の標的治療に効果的に使用されてきました。しかし、BCR-ABL1融合遺伝子のキナーゼドメイン内の変異が原因で、最近、薬剤耐性症例の多くが報告されています。この発生率に関する詳細情報を提供するために、141人のイマチニブ耐性慢性骨髄性白血病患者を対象に、ディープシーケンシングによるキナーゼドメイン変異を解析するレトロスペクティブ研究を実施しました。対照として、未治療の患者20人を追加しました。方法: 骨髄細胞からRNAを抽出し、cDNAを合成しました。ネストされたポリメラーゼ連鎖反応を実行して、BCR-ABL1融合遺伝子のキナーゼドメインを増幅しました。増幅された産物は、サイズと濃度をモニターし、DNA配列ライブラリを調製しました。配列分析は、Illumina MiSeqシーケンサーとSequence Pilotソフトウェアを使用して実施しました。配列結果は、サンガー配列決定のためにランダムに選択されました。結果: 対照群でキナーゼドメイン変異が陽性だった人はいませんでした。141人の患者のうち47人 (33%) で、少なくとも1つのヌクレオチド置換が検出されました。配列結果は、サンガー配列決定によっても確認されました。これら47のサンプルのうち、28種類の72のヌクレオチド置換、変更された24のコドンが特定されました。これらのうち、Y253F/H、M351T、G250E、F359V/I、M244V が最も頻繁に見られた変異で、T315I はわずか 4.1% でした。また、複数の置換や新しい変異を持つサンプルも多数ありました。結論: 次世代ディープ シーケンシングは、キナーゼ ドメイン変異を検出する感度の高い効果的な方法であり、私たちの結果は慢性骨髄性白血病の薬剤耐性変異に関するさらなる情報を提供できる可能性があります。