トランスクリプトミクス: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

ヒトのコード配列における転移因子の広範なエクソン化は転写のエピジェネティック制御と関連している

アフサン・フダとピエール・R・ブシェル

背景: 転移因子 (TE) は長い間、ヒトゲノムの調節や機能にほとんどまたは全く関与しない利己的またはジャンク DNA であると考えられてきました。しかし、過去数年間、いくつかの研究で、ヒト遺伝子の調節およびコーディングのニーズに対する TE の貢献を示す逸話的および世界的な証拠が提供されたため、この見解は疑問視されるようになりました。本研究では、2 つのヒト造血細胞株、GM12878 (リンパ芽球細胞株) と K562 (慢性骨髄性白血病細胞株) の遺伝子発現およびその他の補助的なゲノムデータを使用して、TE によって提供されたコーディング配列の組み込みとエピジェネティックな調節を調査しました。各細胞株で、TE がヒト遺伝子にコーディング配列を提供した例が数千件見つかりました。 RNA シーケンシング (RNA-Seq) リードのトランスクリプトームアセンブリをリファレンストランスクリプトームの助けを借りて、または借りずに比較したところ、コード配列に TE を組み込んだ遺伝子の割合が、Refseq および Gencode 遺伝子モデルを使用したリファレンストランスクリプトームアセンブリから得られた割合よりも大幅に高いことがわかりました。また、ヒストン修飾クロマチン免疫沈降シーケンシング (ChIP-Seq) データ、遺伝子発現のキャップ解析 (CAGE) データ、および DNAseI 過敏性部位 (DHS) データを使用して、TE 由来のコード配列のエピジェネティックな制御を実証しました。結果は、TE が遺伝子注釈データベースで表されているよりも大幅に高い割合のコード配列を形成し、これらの TE 由来の配列が 2 つの細胞タイプでの発現に応じてエピジェネティックに制御されていることを示唆しています。