医薬品設計: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

SARS-Cov-2の主なプロテアーゼであるNSP-15とRNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRp）に対する新しい阻害剤の供給源としてのカリブ海植物

アリア・ダンカン、ジュチャラ・マーゲットソン、ジェイダ・ロバーツ、タクアンナ・バロン、ニーラム・ブクサーニ

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のパンデミックは、WHOの報告によると世界中で74,299,042人の感染が確認され、1,669,982人が死亡しており（2020年12月20日午後1時21分ESTにアクセス）、人類が現在直面している最も困難な状況の1つです。この壊滅的な病気を治療するためのワクチンは急速に開発されていますが、より可能性の高い代替療法の探求が今求められています。このパンデミックを治療するための新薬候補を探すため、アロエベラ、レモングラス、モリンガオリフェラ、リグナムバイタなどのカリブ海原産の薬用植物から分離された125の化合物の構造に基づく仮想スクリーニング研究が行われ、SARS CoV-2の3つの主要な薬物標的に対する阻害能が判定されました。 SARS-CoV-2の主要プロテアーゼ（PDB ID：6LZE）、nsp 15（PDB ID：6WLC）、およびRNA依存性RNAポリメラーゼ（PDB ID：7BV2）の3つのタンパク質の活性部位にドッキングした。シュレーディンガー小分子薬物発見スイートを使用して仮想スクリーニングワークフローを実行し、化合物を調製して3つのタンパク質すべての活性部位にドッキングした。各タンパク質の共結晶化リガンドを陽性対照として使用し、すべてのドッキングスコアをそれと比較した。125の化合物のうち、37はネイティブリガンドと比較してタンパク質との良好なドッキング相互作用を示した。13の化合物は6LZEに対して優れたドッキングスコアを示し、そのうち最も負のドッキングスコア（-11.962）はネイティブリガンド（-8.095）と比較したルチンであり、より負のプライムMMGBSA結合エネルギー-70.54 kcal/molも示した。 7BV2の場合、35の化合物が天然ラムデシビル（-4.566）よりも良いドッキング結果を示し、ビセニン-2のドッキングスコア（-8.194）が最良であり、ラムデシビルとほぼ同じ複合体の結合エネルギー（-44.54 Kcal / mol）も示しました。6 WLCの場合、サイト1ではオリエンチンが最も負のドッキングコア（-10.896）を示しましたが、サイト2ではスウェルチアジャポニンのドッキングスコアは-12.364です。37の化合物の薬物動態（ADME）特性も計算され、潜在的な阻害剤の薬物類似性を確認しました。この研究は、コロナウイルス疾患の治療薬の設計に役立つ可能性のあるいくつかのリード分子を提供します。