医薬品設計: オープンアクセス
オープンアクセス

概要

いくつかのマイナーグルーブバインダーと B-DNA ドデカマー 5' (CGCAAATTTGCG)-3' との相互作用、ダイナミクス、安定性の分析

アンウェシュ・パンディー、アヌラグ・ウパディヤーヤ、スレシュ・クマール、アニル・クマール・ヤダヴ

デオキシリボ核酸 (DNA) は、遺伝子発現の傾向により、多くの抗菌剤や抗がん剤の細胞ターゲットとして知られています。薬物と核酸の相互作用は薬理学における重要な特徴の 1 つであり、薬物の作用メカニズムの理解や副作用が最小限のより効率的な薬物の設計に重要な役割を果たします。フランは古くから知られており、さまざまな薬効や治療効果があるとよく言われています。現在の研究では、2,4-ビス (4-アミジノフェニル) フランと逆ジアミジノ 2,5-ジアリールフランという 2 つの分子クラスについて、DNA (PDB Id: 4AH0) との相対的な結合強度と安定した複合体形成傾向を計算で調べました。DNA 付近の薬物の結合ポケットを予測するために分子ドッキングを実行し、予測された結合モードをサポートする相互作用ダイナミクスを研究するために分子動力学を実行しました。ドッキングにより、結合部位はマイナー グルーブ バインダーが好む AT リッチ領域であることが明らかになりました。 RMSD および RMSF 分析は、MD 研究から得られた結果に基づいて行われました。前者の研究では、リガンドは副溝内で大きな偏差なく DNA の優先結合位置に結合したままであることが明らかになりました。一方、後者の研究では、シミュレーションの全過程を通じて DNA のトポロジカル構造が損なわれていないことが明らかになり、薬物 DNA 複合体の安定性が推測されました。本研究では、遺伝子発現の調節因子としての新しい副溝結合剤の発見に重要な役割を果たす可能性がある結合時の変形を考慮して、フラン誘導体との相互作用における DNA の特性とダイナミクスについて説明します。本研究では、最適化された電子化学構造における分子内および分子間軌道結合と相互作用、特に電荷移動と安定化ゲインエネルギーを計算するために、Gaussian 09 プログラム パッケージを使用して自然結合軌道 (NBO) 分析も実行しました。