酵素工学
オープンアクセス

概要

Bacillus halodurans 由来のタンパク質の精製傾向

シャオミン・ヤンとグアン・ウー

特殊用途のタンパク質の需要が大幅に増加しています。これらのタンパク質は、一般的には組み換えタンパク質から得られますが、その精製はコストがかかり、容易ではありません。問題のタンパク質の見通しを立てるためには、精製の可能性を事前に予測する方法を開発することが不可欠です。タンパク質の精製は、その 3D 構造を含むタンパク質の本質的な特性と関連しているはずであり、これまでに約 540 のアミノ酸特性が見つかっています。したがって、各アミノ酸特性をタンパク質精製の成功率に対してテストして、どの特性が精製傾向を推定するのに適しているかを調べることができます。この研究では、ロジスティック回帰とニューラル ネットワーク モデルを使用して、535 の特性のそれぞれを Bacillus halodurans からの 438 の精製済みタンパク質と 429 の精製不可能なタンパク質に対してテストしました。結果として得られた感度と特異性に ROC 分析を適用しました。結果は、アミノ酸組成特性は一般に精製傾向を推定するのにあまり役立たないが、アミノ酸の物理化学的特性、二次構造、動的特性はより有用であり、動的特性はより有望であることを示しています。したがって、いくつかの種類のタンパク質特性は、タンパク質の精製傾向を決定するのに役立ち、微生物学およびバイオテクノロジーの分野でコストを削減し、生産をスピードアップする可能性があります。